Em janeiro, em protesto contra a homologação os arrozerios instalados na Terra Indígena, acompanhados de índios que defendem a homologação fracionada e não contínua, sob o comando de Paulo Cesar Quartiero, empreendem ações intimidatórias: invadem a sede da Funai em Boa Vista, destroem a missão Surumu, fazem padres de reféns e fecham estradas e pontes.

Em fevereiro, o Supremo Tribunal Federal (STF) recebe os autos do processo impetrado pela Fundação Nacional do Índio (Funai) contra a criação dos municípios de Uiramutã e de Pacaraima, alegando que ambos foram instituídos dentro de reservas indígenas demarcadas pela União.

Em março, o juiz Helder Girão Barreto, da 1ª Vara Federal de Roraima, defere liminar que suspendeu parcialmente os efeitos da Portaria 820/98, do Ministério da Justiça. O Instituto Socioambiental e o Conselho Indígena de Roraima (CIR) entram com recurso em nome de quatro comunidades indígenas – Cantagalo, Maturuca, Camará e Imbaíba, centros regionais representativos de outras comunidades da região – contra a deferição da liminar. Ainda em março, o CIR apresenta à Comissão de Direitos Humanos da Organização dos Estados Americanos (OEA), em Washington, EUA, petição com denúncias de violação aos direitos indígenas no Brasil.

Em abril, relatório do deputado Lindberg Farias (PT-RJ) sobre a homologação da Raposa-Serra do Sol, recomenda ao Presidente Luiz Inácio Lula da Silva a exclusão de cerca de 15% do total da reserva.

Em maio, um grupo de 200 indígenas contrários à homologação em área contínua, invade a sede da Funai, em Boa Vista. A juíza do Tribunal Regional Federal (TRF) da 1ª Região, Selene Maria de Almeida, mantém liminar que suspende os efeitos da portaria de demarcação em área contínua tomando como base um relatório elaborado por uma comissão de peritos que estava incompleto. Recurso contra a decisão da juíza Selene de Almeida chega ao Supremo Tribunal Federal (STF).

Em agosto, o Procurador-Geral da República, Claudio Fonteles, interpõe recurso de agravo no Supremo Tribunal Federal (SL 38) contestando a decisão da ministra Ellen Gracie que negou a suspensão de liminares que impedem a demarcação da Área Indígena Raposa-Serra do Sol de forma contínua e com a posse permanente para os índios, como determina a Portaria 820/98 do Ministério da Justiça.

Em setembro o Plenário do Supremo Tribunal Federal referenda decisão da ministra Ellen Gracie que indeferiu pedido do Ministério Público Federal para suspender liminares (SL 38) em relação à posse permanente dos índios sobre a Raposa.

A desembargadora do Tribunal Regional Federal da 1ª Região, Selene Maria de Almeida, concede efeito suspensivo à liminar do juiz federal Helder Girão Barreto, que mandava reintegrar posse aos rizicultores Ivalcir Centenáro e Ivo Barilli nas fazendas Mangueira, Mangueira I, Fazendinha, Praia Grande e Tatu. A decisão do juiz obrigava os indígenas a se retirarem da Raposa no prazo de 10 dias. De acordo com a liminar, caso as comunidades persistissem na ocupação, o Conselho Indígena de Roraima (CIR) deveria pagar multa diária de R$ 10 mil.

Arrozeiros e indígenas participam da audiência de justificativa da ação de interdito proibitório, impetrada pelo empresário Paulo Cesar Quartiero, pedindo que a Justiça garanta a posse de propriedade e previna uma possível invasão. Não houve acordo entre as partes. O juiz federal Helder Girão Barreto dá prazo de 48 horas para que as partes de manifestem, inclusive o Ministério Público Federal, para que depois seja julgada a ação.

Em 28 de setembro, o Procurador-geral da República, Cláudio Fonteles, afirma que a homologação da reserva configura conflito entre a União e o Estado de Roraima. Por isso, argumenta que tem de ser julgado pelo Supremo, com base no artigo 102, inciso I, alínea "f", da Constituição Federal. O instrumento utilizado é uma Reclamação (RCL 2833), processo que trata da preservação da competência do STF.

Em novembro, acolhendo pedidos do Ministério Público Federal (MPF) e da Fundação Nacional do Índio (Funai), o ministro Carlos Ayres Britto suspende nove processos relacionados à homologação da Raposa.

A comunidade de Jawari é invadida por tratores e homens armados. Casas são derrubadas e queimadas, e animais são mortos. O índio macuxi Jocivaldo Constantino leva dois tiros, um deles na cabeça, além de ser espancado. O grupo também ataca as comunidades Brilho do Sol, Retiro São José e Homologação. Resultado: 131 pessoas desabrigadas, quatro aldeias destruídas, um índio ferido gravemente e outro desaparecido.

Em dezembro é publicada a Portaria nº 1.475 na qual o presidente da Funai inclui a Terra Indígena Raposa-Serra do Sol no procedimento de indenização por benfeitorias consideradas de boa-fé, de que trata o art.1º da Portaria nº 1.071 de 06/08/04.

A Polícia Federal (PF) instala o primeiro posto policial em uma reserva indígena no país, em Urucurui, na comunidade Placa, na Raposa-Serra do Sol.

O ministro do Supremo Tribunal Federal (STF), Carlos Ayres Britto, cassa liminar que impedia a União de homologar a reserva indígena Raposa-Serra do Sol em área contínua.